与保证的区别：保证通常是一种人的担保，主要依赖保证人的信用和偿债能力；而保函除了人的担保外，还往往与银行等金融机构的信用和资金实力相关，具有更强的可靠性和独立性。在法律关系上，保证一般是从属于主债权债务关系的从合同，而保函在一定程度上具有独立性，即使基础交易出现问题，只要保函的索赔条件成就，受益人通常仍有权向担保人索赔。
短期情况：一般为 30 天至 90 天。比如在一些简单的货物采购交易中，如果预付款主要用于供应商进行原材料采购等前期准备工作，且整个交易周期较短，预付款保函期限可能设定为 30 天至 60 天；在一些常规的小型工程项目中，预付款用于施工方进场筹备等工作，期限可能在 60 天至 90 天。
中期情况：也有不少预付款保函期限在 90 天至 180 天。如在一些中型规模的设备采购项目中，供应商需要较长时间进行设备生产，预付款用于启动生产流程等，保函期限可能为 90 天至 120 天；对于一些工期相对较长的小型建筑工程或装修项目，预付款保函期限可能延长至 120 天至 180 天。
从合同履行角度看
预付款使用期限只是预付款在合同中规定的用于特定事项的时间范围，但合同的履行可能存在后续的验收、质保等多个阶段。例如在工程建设项目中，预付款可能在工程前期用于施工准备等工作，但工程竣工后还有验收环节，如果发现质量问题需要整改，而申请人拒绝承担责任，此时受益人可能需要动用预付款保函来保障自身权益，这种情况下预付款保函期限超过预付款使用期限是合理且必要的，以确保合同的履行。